Martínez de la Escalera se unió, en 1994, al grupo de investigación sobre retórica, coordinado por Helena Beristain en el Instituto de Investigaciones Filológicas; de 1998 a 1999 fue designada corresponsable del proyecto de investigación Problemas de la alteridad; de 1999 a 2001 fue corresponsable del proyecto Lecciones de Extranjería, y en el 2003 corresponsable del proyecto Políticas de la memoria. En 2004 fue coordinadora del área Alteridades de género, memoria y testimonio, y en 2005, coordinadora académica del Seminario Alteridad y exclusiones en el Programa Universitario de Estudios de Género. De 2009 a 2011 fue responsable del proyecto de investigación Diccionario para el debate: Alteridad y Exclusiones de la Dirección General de Asuntos del Personal Académico. Como parte de los trabajos de investigación editó la colección Ejercicios de Memoria junto con Esther Cohen, que cuenta con 12 títulos publicados.